> 古いフォーマットのXMLでも保存するようにして解決しています
ディレクトリサポートするなら古いフォーマットと互換性がなくなるので無理にやらなくてもいいかと。
importがあれば十分だと思います。理由はポリシーから。

XMLについて。
・dirのopenは0/1でなくtrue/falseにしてください。
・ぱっとコードを見た限り大丈夫だと思うけど、url以外は必須項目でないようにしてください
(FavoriteThreadsではnameやresnumも必須だったのでそれの反省)
・登録時にファイルに書き込みした方がいいと思います。落ちたときにorzにならないために。

> Threadクラスの管理をBoardManagerに移動したり
あと今更ですが、BoardDataがThreadのリストを持ってる構造になってますが、
これはやめてください。以下理由。
・以前自分がやって失敗した。
・スレの情報だけあって板の情報がない場合の処理がややこしくなる(はず)。
datURLだけあれば板 <-> スレのやりとりは可能なので、クラス間は疎結合にした方がいいです。
ThreadManagerみたいなのを作れば十分でしょう。