SUSE9.1Professionalを使っているので、KDEが/opt/kde3に入っているんです。
最初はconfigureする時にprefixに/opt/kde3を指定したんですが、
libkitapartが見付からずにうまく起動しませんでした。
(KDEメニューへの登録もされませんでした)

今は素直に/usr/localに入れて、$KDEDIRSを設定してkita本体を起動する
シェルスクリプトを書いてKDEメニューから呼び出してます。
素人にSUSEはつらいですね。。。

というわけでshare/icons/hicolor/48x48/appsの下にコピーしてOKでした。
THX!