/usrを別の仮想HDDに押し出してしまえばどうかね。設定ファイルのblock_deviceのとこをいじって
ディスクイメージをマウント→既存の/usrを丸ごとコピーした上でfstabをいじる。

ってので出来そうな気がするけど、どうだろう。