PC-9821Rv20@SMPにインストールしちゃったものですが、
時計がおかしくなる条件がちょっとだけわかりました。

・CoLinux初回起動時はホスト(Win2KSP4)は正常。
 ゲスト(公式に落ちてるDebian)は必ず日時が狂っているが、
 ゲスト内で時計を設定しなおせば正常動作。
・ゲストをシャットダウンすると、ホスト側の時計が1.6倍〜2.5倍速に暴走。
・時計暴走中にCoLinuxを起動しても、ホスト側の時計の速度は変わらない。
 ただ、ゲスト側の時計は正常動作。(日時は狂っているが)
 つまり、ホスト側の時計がガンガン進んでいるのに、ゲスト側が合ってるという
 妙な状態になる。
・ここでゲストをシャットダウンすると、ホスト側の時計が今度はすごく遅くなる。
 この状態の時、>>329の
 「Windowsのウインドウ操作「最小化」や「元に戻す」が異常に遅くなる」が発生。

ATコンパチじゃこんな現象起こりませんよね…どうしたものだか。