うーん、何故なのか良く分かりません。
>>257の
> vncserverを直接叩くなり他のXなりでgdmconfigを実行して次の2つを変更する。
> XDMCPを有効にする。
> /usr/bin/X11/Xを起動するようになっているところを/usr/bin/X11/Xvfbに変更。
の部分は、/etc/X11/gdm/gdm.confを直接編集しましたが、どこかに編集漏れがあるのかもしれません。
編集したのは
[xdmcp]
Enable=true

[daemon]
StandardXServer=/usr/bin/X11/Xvfb

[server-Standard]
command=/usr/bin/X11/Xvfb -deferglyphs 16 -nolisten tcp
です。