config.logを見てみると、
configure:9313: checking for sdl-config
configure:9352: checking for sdl-config
configure:9387: checking for SDL - version >= 1.0.0

という行を見つけた。たぶんsdl-configからversionを取得してると思うのだが、
# sdl-config --version
1.2.3
となって、configureで認識されているversionと違うみたい。
man sdl-configも無いので完全にわけわからなくなってしまった。むぅ