/etcかどこかにあるlilo.confの中の
default = hoge
これをWindowsのラベルにする。

other = /dev/hda1
label = win
だったら、default = win にする。

dosでfdisk /mbr するとmbrのliloが消えるから
ブートマネージャかFDじゃないとlinux起動できなくなるよ。