nkf -ed hoge.pl > hoge.pl.unix
mv -f hoge.pl.unix hoge.pl
chmod +x hoge.p
でどーよ？

viが、自前でCR LF (DOSスタイル)に対応しているだけなの
かもな。日本語だって、EUCにしないと。

あと、実行できるようにchmodしとけ。