結局、リナックスってなによ？ って話になると思うのね。
そして結局リナックスの本質は、カーネルだけの存在だとと言えてしまう。
みんなが勝手に、ソフトを積み上げて使っているだけなのね。
だから、それを体系づけて一冊で学習するなんて、元から無理な話かもしれない。

ここで敢えて回り道を勧めてみるなら、シェルをきちんと理解すること。
リナックスの話をしているつもりで、実はそれはシェルの話をしているというシチュエーションはよくあると思うのよ。
http://www.oreilly.co.jp/BOOK/bash2/index.htm
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4900900788/2ch

シェルの見通しがよくなってから、/etc/rc.d 配下のスクリプトを読んでみると
リナックスがどう動いているのかが、比較的わかるようになるんじゃないかな？