自作するメリットは主に拡張性と自由度の高さでしょうか。

拡張性は、最近の省スペース化の潮流をごらん頂けばわかるとおり
メーカ製は全体的にスリムになってきています。電源性能も弱いために
拡張できなくもないがすると機械の馬力が足りなくなることもあるでしょう。
先日USB2.0の為にスリムPCを拡張した英二さんが機械が途端に不安定になったことを嘆かれていました。

自由度は、やりたいことがどうあるか、ということに併せて少額の出費で
問題を解決できるかもしれないという点にあるでしょう。

例えば、渡辺製作所のパーティーズブレイカーをプレイしようと思ったときに、
CPUはPentiumの800MHzもあれば十二分に快適にプレイできる「はず」です。
しかし、メーカ製品は全体的にグラフィック性能をオンボード、
つまり安上がりに作るためにマザーボードのおまけ機能に頼ろうとする嫌いがあります。

最近はだいぶグラフィック性能のもとから高いメーカ製品も出て来つつありますが、
グラフィック性能に限らずある特定の機能だけを重点的に強化したい場合などは
自作が便利ではないかと思います。