>>341-342
RT-400NE の方で PPPoE 接続しているままであっても、NAT が二重になるわけではないから問題ない。
ただしバッファロールーターの自動設定では DS-Lite にならなくなる可能性大で、おそらく手動設定にする必要はある。

DS-Lite 用ルーターは、PPPoE 接続をするわけではないから接続用のユーザーやパスワードは入れる必要がない。
接続用のユーザーやパスワードを入れてそれを使うと PPPoE 接続することになってしまい、ルーターを買った意味がなくなる。

RT-400NE からの PPPoE 接続は、それが自分にとって不要になって、かつ PPPoE セッションを消費するのが困るようであれば無効にするなり削除するなりすればいい。
以下、勝手な推測だけども
PPPoE は、たとえ使わなくても接続しっぱなしにしておくと、網終端装置の増設可否の判断材料となる収容セッション数のカウントに貢献できる可能性がある。

>>345
理解して設定してできたらいいのだけども、
わかならないままやってみて、たまたまできただけだと意味ないんじゃないかな。