過去レスにもある通りniftyのPing値が跳ね上がってるのが事実なので原因の1つとして挙げられる
それだけを取り合えてniftyが悪い、で結論付けるのはどうかと思うけど

フレッツ光が腐ってる、逆に転用番号やらで悪い噂が絶えないnifty光回線の方が早い、という可能性もあるし
遅い遅いといってる人ではなく問題がなく快適って主張してる人のPingと使用回線と地域なんかがサンプルで上がれば少しは進展すると思うんだけどね

まぁサポセンに凸ってクレームじゃなく質問という形で最近遅くなってる原因だけ教えてくれって質問する方が早いと思うけどｗ
iOS9リリースのときはサポセンできちんと原因の回答を貰えた人もいるみたいだしね