ハードが原因なら上下共に落ちるケースが多い。

ハブにとっては上りも下りも動作は同じ。
ケーブルの場合、周波数に対するノイズなど速度低下要因は上下に関わらず影響を与える。
NICの場合、OS側の設定や足かせが要因。

可能性的に高いところから原因を確かめていくべき。
一番手っ取り早いのは違うPCで計測してみること。
それで結果が変わらないのであれば、そこからハブやケーブルを疑えばいい。

ケーブルでONUにPC直結してテストしてると思うのだが。