IPv4とIPv6ややこしすなぁ。
IPv4でないと繋げない鯖はどのくらいあるのかね。

で、よくわかってない部分もあるので整理するとこれでOK？

【IPv6】
PPPoE接続…PPPoEトンネル(NGN網)→IPv6(事業者網)→IPv6(インターネット)
IPoE接続…IPv6(NGN網)→IPv6(VNE網)→IPv6(インターネット)
※PPPoEはマルチプレフィックス問題が有(NAT66介在)
※IPoE同士ならP2P-VPN構築可
【IPv4】
PPPoE接続…PPPoEトンネル(NGN網)→IPv4(事業者網)→IPv4(インターネット)
IPv4 over IPv6接続…IPv4 over IPv6トンネル(NGN網)→IPv4 over IPv6ゲートウェイ(VNE網)→IPv4(インターネット)
※争点…事業者網が速いかVNE網が速いか、ゲートウェイのオーバーヘッドはいかほどか。

で、よくわからなかった点というと
プレフィックスは短いとユーザにとっていいことって何がある？