設計思想の違いだわな
フレッツが提供するのは「足回り回線」だけど、auひかりは「通信サービス」ですからね

逆にNTTが「通信サービス」に乗り出すと、他のISPから独占!独占!の大合唱だから
必然的にPPPoEカプセル化、という処理コストのかかるな不自然で仕組みができてしまった訳で

auひかりのように、網側でIEEE 802.1X認証のほうが綺麗でシンプルな設計かな