＞調べたら、100MB契約してるところ、約92MBだった。

これはどうやって調べた？
単純にバイト数を足しただけじゃないのか？
quota はバイト単位じゃなくてブロック単位で計算するから
たとえバイト数のトータルが100MB未満でも
quota的にはリミットに達している可能性が高い。
例：サイズが100バイトのファイル＝８ブロックつまり4096バイトを消費