ファイルが消えている原因を考えてみた。

仮説その１：
復旧時に導入した新ファイルサーバに問題があって
ファイルが本当にどんどん消えていく。

仮説その２：
復旧時に導入した新ファイルサーバに問題があって
ファイルの名称がどんどん変化している。
例えばスペースが後置されてしまう or
ファイル名全体がスペースに置き換わる or
あるいはもっとおかしな名称になってしまう等。
そのおかげでFTPクライアントソフトがファイル名を
正しく認識できず、画面上は見えなくなっているが
ファイルの実体は残っているのでリネームすれば復活する。

仮説その３：
ユーザの誰かが消して回っている。
（実際、FTPからは他人のファイルは見えないがCGIからなら見える。）