スプリッタ内蔵モデムになると性能は向上しているかもしれないけど
ＮＴＴ電話とニフティフォンを独立して使うことは出来なくなるの？

ＡＣＣＡ用・富士通スプリッタ内蔵モデムだと絶対、不可能だよね。
ラインセパレータ使ったとしても。