Bフレより速度が落ちるのは、
IPv4パケットをIPv6で作ったトンネルに通してるわけだから
オーバーヘッドの分を考えればあたりまえだと思われ。

速度測定サイトは、アプレットを使って、サーバーとクライアントで最適化しているだろ。IPパケット長を大きくしたり、
ACK応答の最適化、フラグメントしないパケット長を設定してやっていると思われ。

だから一般(v4)の速度測定サイトではいい数字が出ない。
当然一般サイトの閲覧・ダウンロードもいい数字は出ない。

このオーバーヘッドはIPv6によるものだから、
ギガでONUまで通すことによるカバーか、
インターネット自体がIPv6化する必要がある。
またCTUは複雑な処理をしているため、ボトルネックになる可能性がある。