フレッツ速度測定サイトやフレッツスクウェアに接続するのに、
スタートアップツールからは接続できるのにIEのお気に入りからは接続できません。
CTUがそれらの接続先にいつもは接続状態になってないからだと思いますが、
CTUの設定を変えてIEから接続できるようにできるでしょうか？