静的IPマスカレードとかNATという機能を使っていて、
(ルーター使ってれば確実に使ってるだろう)
ルーターがしょぼいと、IPアドレスとポートの変換をするために
記録しているNATテーブルが溢れてしまって、それ以上の通信が
できなくなってしまう。
NATテーブルに記された通信がタイムアウトになるまで通信できない
のでその症状にあてはまってる。

nyは多くのノードにパケットを送りつけるから溢れやすくなってるんだろう。
対策はnyの通信を絞る(例えばNEGiESとかで速度を絞ったり、Safenyで
通信するノードを絞ったり)
もしくは性能のいいルーターに買い換えるか。