書き換えるっても、MIME をデコードするだけだけどな。

>Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP
>Content-Transfer-Encoding: base64
>
>V0FLV0FLIBskQiROJVAlKxsoQg0K

だったのが

>Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP
>Content-Transfer-Encoding: 8bit
>X-MIME-Autoconverted: from base64 to 8bit by *****
>
>WAKWAK のバカ

になるだけ。

普通は困らない。どうせローカルのメーラでデコードするんだし。
ただし漏れは遭遇したこと無いが、極めて特殊なケースで困ることがあるらしい。