「知らないディレクトリなんだから、気づくわけ無い」でなくて「知らないディレクトリ」
だからこそ気づくのではとか、topのindex.htmlが上書きされることはなかったということ
か(←これなら流石に気づくよな)、とか、正直まだ腑に落ちないところもあるのだが、
要するに問題は、
(1) 803と「そのサイトの管理人」は、(当然)それぞれ別のアカウントを持って
  いるのに、いつのまにか同じサーバスペースを共有するようになってしまって
  いた。
(2) 別のアカウントなのに、ファイルパーミッションで弾かれることもなく、双方とも
  同じスペースにアップロード(書き込み)ができるようになってしまった。
ということで良いかな。
# ということは、803がサイトを丸ごとFTPでダウンロードすると、「そのサイトの
# 管理人」のコンテンツも混じってダウンロード出来てしまう、その逆もしかり、
# ということだよな。ここまでOKか?

(1)はアカウント設定をミスったりすれば全くあり得ない話じゃない(ログオン
ディレクトリの設定ミス)が、少なくとも、誰かが既に使っているログオンディ
レクトリを後で割り当てられた方が最初にログオンするときにわかる話だよなあ。

(2)の方は、サーバが*nix系であれば、通常のパーミッション設定(644)では
あり得ない話だよなあ。双方ともルートを持ってるとか、同一グループでグルー
プパーミッションが w になってる(664)とか、またはパーミッションが666に
なってるというなら別だが……。

もしかして、サーバがクラックされていて、アカウント設定がいじくられている
とか、かな。すまん、俺にはそのぐらいしか思いつかん。