メールの暗号化ね？
APOP　
　　　暗号されるのはPOPパスワードだけ。本文は平文。
　　　LAN内部でのパスワード盗聴には有効
SSL
　　　暗号化されるのはPOPサーバーとクライアント間経路だけ。
　　　LAN内部で盗聴されるのは防げる。

そんなのあまり意味がないでしょう。gpgなどの暗号を使った方が良いよ。