>>861
>この場合プロバイダがボトルネックなのかMTUなどの問題なのかどちらでしょうか？

たぶん両方
あと、それだけ速度が出てるとルーターやPCの性能がボトルネックになってる
ことも考えられる（PCはCPUがGHzクラスならボトルネックになることはないとは思うが）

>MTUとRWINは少しいじってみたんですが変化なしのようでした・・・。

フレッツの場合、MTUは1454にするのが基本
RWINはこのへんとか参考に
http://arena.nikkeibp.co.jp/tec/bb/20030728/105428/
http://arena.nikkeibp.co.jp/tec/bb/20030801/105489/

>>862
とりあえず、一度モデムの電源を切って再起動してみ