俺自身、フレッツ接続ツール使ってないから何とも言えないけど。
ルータ使って接続した方が、楽と言えば楽と言えば楽じゃないかなと。
（いきなりルータ使ったから、フレッツツールがどんなもんか分からないので…）
しっかり設定できれば、セキュリティ上も有効だと思うので。