>P2Pそのものに違法性はなく扱うファイルに違法性があるのに法的に規制できるのだろうか？

できるよ。しちゃいけない決まりはないから。
規制といってもやっていることは、QoSというインターネットの基盤技術の
ひとつをつかって、多くのユーザにとって重要なトラヒックを高優先に、
そうではないものを低優先にわり振っているだけだよ。
一部のならず者から大多数の消費者を保護するという名目が成り立つので、
消費者保護法の観点からも違法にはならないよ。
僕のいうことが間違っていると思ったら、裁判で訴えてみればいいよ。
勝ち目はないと思うけど、ここで無知をさらしているよりいい勉強には
なると思うよ。

>規制をかけているのが明白なのにもかかわらず、かけていないと言い張る

どうやって明白であることを証明したのかはおいておいて、まあ
サポートの人の管轄範囲ではかけていないんだろうね。地域会社側で
かけるより、もっと外との接続点に近い位置に装置を置いたほうが少ない
装置で大きな効果をあげられるということでしょう。