フレッツ12Mに加入し、モデムはMNVというもの
が送られてきました。

設定ガイドを見ると、スプリッタで分けた2本のケーブルを
両方ともMNVに接続し、電話機もMNVに接続することに
なってるんですが、スプリッタのTEL端子に電話機を
繋いではいけないのでしょうか？

電話機はSANYOのFAX付電話（コードレス子機2台）です。