つい最近開通したけど速度が出なかったので
windows自体入れなおしてみました。
その後安定させるまでの経緯を参考にどうぞ。

(ウインドウズ2000再インストール)
網内は直結で50M
   ↓
MTU調整で網内80M
   ↓
ウイルスバスター2003インストールで網内20M以下・・・
   ↓
ウイルスバスター2003のファイヤーウォール機能だけアンインスト
しかし速度変わらず。
   ↓
ウイルスバスター2003自体をアンインストで80Mに復帰
   ↓
ルータ(メルコWHRーG54/P)挟んで網内50M、網外約20M

こんな感じです。