この問題はネットの視点から見るのではなく
電話を利用している際の視点から見ればよくわかると思う。

使っているPCの機種やソフトを調べる＝使っている電話機の種類をNTTが調べる
流れているデータの中身を解析＝電話の内容を盗聴
といったレベルに置き換えられるかと思います。

前者はこれそのものがプライバシーに
触れるといったことはないので問題のない範囲ですが
後者については426さんのとおり盗聴と同レベルにあたりますので
現行法上はISPにはその権限はありません。
（ちなみに昔は新しい電話機を買ったら機種名を電電公社＝NTTに伝えていました）

京都府警がMXerを逮捕したときの手口も流れているデータを解析して
違法ファイルかどうかを調べたのではなく、著作権者の許可を得た上で
実際にDLしてそれを元に逮捕したことから見ても、流れているデータの
中身を見る行為は現在のところは令状がなければ完全にアウトということでしょう
（IP等の情報は当然ISPから提供されています）