>電話が２台以上接続されています。
>ただしモデムとは別のモジュラージャックです。

この電話機とMJの間にスプリッターを入れてるか無いか。
入れている場合→OK
入れてない場合→スプリッターを入れる。
（電話とMJの間にはすべてスプリッターを入れる事。）

とりあえず実験してみましょうか･･･
別のMJに繋がっている電話を一時的にはずして、
モデムの電源を入れ直して速度計測しましょう。

WIN98SEだとTCP/IPドライバのアップデートが必要なので、
ここからアップデートしましょう。
ttp://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/7682/editmtu/index.html#vtcp_update

MTU＆RWINの調整も「EditMTU」というソフトなら上記のサイトからDLできます。
他にもフリーのソフトがあるので気に入ったのを使ってみましょう。

MTU＝1500　
MSS＝(MTU-40)
RWIN＝MSS×12倍〜44倍

「EditMTU」ならRWINは自動設定できます。
詳しくはここ見て
ttp://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/7682/editmtu/index.html