個人的には断然PPPoE。

PPPoAは基本的にキャリアの提供するルータモデムを使うことになり
ルータの選択肢が限られるし、
PCを直結してグローバルアドレスを振りたくてもできないので
P2Pアプリやネットゲームや鯖立てで苦労する。
要するに制約が多い。
(USBモデムならそういう制約はないが、代わりにPC1台しか使えないし、
不安定になりがちだし、8Mに対応してない)

PPPoEならキャリアに依存するのはモデムだけなので
ルータをつなごうがPCをつなごうが自由。