今回気づいたことですが、Windows XPではLANインターフェース(ローカルエリア接続)
のMTUやRWINはWindowsを再起動しなくても変更を有効にすることができます。

確認したのはツールを使わずにレジストリで
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\Tcpip\Parameters\Interfaces
の下のLANインターフェースに対応するキーの中のMTUやTcpWindowSizeの値を直接変更した
場合だけですが、値を変更した後にローカルエリア接続を無効にして(または無効にしてから
値を変更してもよい)再度有効にするとMTUやRWINの変更が有効になります。

値を変えるたびにいちいち再起動する必要がないのでかなり手間が省けるようになります。