>LANボードの設定ですが、100BASE TX Full_Duplexって言うのにしてます。
>MTUも最適値を計って1006に設定しました。
２点気になる所があります。100baseオンリーのボードですか？
100/10切り替えですよね？スピードはautoにした方がよいのではないかと思います。
MTUはPingで測定したのですか？1006ですか？通常は1500がXpの初期値ですが
何のツールで変更されてますか？RWINの値はどうでしょうか？
まずは、ココのサイトを参考に調整して見てください。
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/7682/editmtu/index.html
多分、MTUが1006とは違うような気がします。