自宅鯖というとまずHTTPですが
今後の展開を考えるとゲームサーバーのマルチリンクや
インターネット電話とかに使われるケースが多くなると思います。
ホームページの場合容量が多いというメリットはあるかもしれませんが
コンテンツを整理してまとめる能力がないと結局は魅力がないものになってしまうので
画像や動画ファイル以外はむしろ固有ファイルとか
ユーザー毎に暗号化したファイルとかそういったものになるかもしれません。

私流のやり方として考えているのは
プロバイダーの用意したページにIPを入れて送信する方法です。

暗号機能つきブラウザと対応サーバーとセットにすると
怪しいやり取りとかかなり盗聴困難になると思います。
サーバーアクセスのリファーがプロバイダーのページのみという形にすると
セキュリティの管理もしやすいと思います。
httpベースのアドベンチャーゲームなどの時は
公共性が高くアクセス頻度の多いものをプロバイダ側におき
計算したものやユーザー単位のものをプライベートサーバーに置くのが基本です。