もしかして、FFFTP使ってたら他のソフトに変えた方が、、、
filezilla使ってるけど、そんなに問題ないよ。

というか、CMSとか数千のファイルを送るなら、ZIPで固めて
FTPかSSHで送ってSSHで解凍するべき。
winSCP使えば簡単にできるよ。