CGI使おうが使わないが関係ナシに
1分経ったかどうか常に制限のプロセス走ってる x ユーザー数(ここ重要)

つまりCGI制限することにより暴走されるリスクは下がるが
その代償にそれなりに負荷が掛かることになるよん。

まあ鯖のメモリー1メガ〜2メガ級を搭載してたら
負荷は実感的に感じないと思うけど。