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ならない。
FTPアカウントでログインしてるならだけど。
rootアカウントでログインしてるならroot権限で弄ってるコトになる。
httpd.conf 弄ってるってことは、rootアカウント持ってるよな？

ってか、Plesk使ってるんならhttp.conf弄っても無意味じゃないか？
ウチはwebminだから詳しくはわからんが、
Pleskはhttpd.confの設定なんかは後から上書きするはず。
だから.htaccessのほうが無難だと思う。