最近のスイッチングハブは、全ポート Auto MDI-X なものが多いですが
そのようなハブと、他のハブへ接続するポートが決まっているハブとで
通信速度が変わってくるようなことは、ありうるのでしょうか？

現状、下記のような環境なのですが、Ｅ のハブが Auto MDI-X のものだと
Ｆ・Ｇ・Ｈ の全てのマシンにおいて、通信が途切れ途切れになったり
（Ｄ・Ｅ の、お互いが接続しているポートのランプが全部ついたり消えたりします。）
途切れるまでいかなくても、速度が著しく低下して
1MB 程度のファイルのダウンロードに、1分弱もかかったりしています。
Auto MDI-X でないハブを使うと、それなりの速度になります。
Ｄ 〜 Ｅ間のケーブルを変えても見ましたが、現象は変わりませんでした。

　 　 　 　 　 　 　 Ｆ
　 　 　 　 　 　 ／
Ａ─Ｂ─Ｄ─Ｅ─Ｇ
　 　│　 　 　 ＼
　 　Ｃ 　 　 　 　 Ｈ

Ａ： NTT-ME BA8000Pro（ブロードバンドルータ）　192.168.0.1
Ｂ： IO-Data WNA-FSWH4（無線ハブ）　192.168.0.200
Ｃ： Windows98機　192.168.0.20
Ｄ： IO-Data WNA-FSWH4（無線ハブ）　192.168.0.199
Ｅ： スイッチングハブ
Ｆ： WindowsXP Pro機　192.168.0.10
Ｇ： Windows2000機　192.168.0.50
Ｈ： WindowsXP Pro機　192.168.0.40
（Ｂ 〜 Ｄ間は無線。（1階と2階））

Ｅ で使った Auto MDI-X のハブは2種類使ってみましたが（ともに新品。メーカー違い。）
どちらでも似たようなものです。
IO-Data WNA-FSWH4 は、Auto MDI-X ではないです。