すみません、探索してもなかなか見付からなかった為、質問させていただきます。

２００２年から個人サイトを運営していて、かなり内容も多ジャンルになってしまった為、
この度マルチドメインにしてサイトを分ける事にしようと思ったのですが、
マルチドメインの時のアップロードってどうやるのでしょう？
契約サーバーさんの方に頼んで、マルチドメイン設定にしていただき、
現在３つの独自ドメインを所持しているのですが、
同じpublic_htmlファイル下にある所為か、どのURLからアクセスしても、
同じindexページが表示されてしまうんです。

どうやったらこの問題は解決できるのでしょうか？
もしもご存知の方が居ましたら、どうかこの阿呆に教えてやって下さい…
宜しくお願いします