Bフレッツ(ニューファミリータイプ)で、回線終端装置からPCに直接LANケーブルをつなぐと
25Mbpsくらい出るんですが、あいだにルーターを噛ませるといきなり2Mbps位しか出なくなります。

一応ルーターはBフレッツ対応でBRL-04FMXというのなんですが、
こんなに遅くなるものなんでしょうか？
たぶんルーターの設定は問題ないと思います。