鯖の侵入の仕方を知りたいのなら
自分で鯖を用意していじりまくるしかないんじゃない？
サーバによって使っているソフトが違う上、バージョンによって穴も異なってくる
パッチを当ててる可能性もある。
自分でいろんなOS(BSDやLinuxやSolaris等)を勉強して、状況に応じた技術を自分で開発する。
他人が開発したツールや侵入手段は既に対処されているかもしない。
だから具体的な方法のレスがつかないでは？
とりあえず、過去に侵入されたニュースを読むのも勉強になると思うよ。