同期してるんだから当然消える
同期ってのは、指定したローカル、サーバーのフォルダを常に同じ状態にする事だから、どっちかで起こしたアクションはもう一方にも起こる
それが嫌ならブラウザやサード製のアプリから同期フォルダ以外にアップすればいい