いや、記憶や性格をデータチャンクとして捉えないで、もっと基本的な部分を置き換えればシームレスにいく。
要するに臓器をつくって、えいやっと入れ替えるのではなくて、ナノ細胞みたいなものを送り込んで細胞単位で代謝のように置き換えていく。
最初に万能ナノ細胞（ES細胞のナノマシン版だと思いねえ）を体内に送り込む。
体内の万能ナノ細胞はユーザーが食ったものの一部を物理構成要素として使いながら増殖し、各部位の細胞と徐々に代謝していく。
代謝した新しいナノ細胞は、しばらくの間は生体細胞をエミュレートし、ある程度ナノ細胞化が進んだ段階で独自の優位活動を開始する。

こんな感じでやれば、コピーによるエイリアス問題などは回避できる罠。