一応、コロニーにエンジンを取り付ける方法を吟味してみました。
亜光速を得る方法としてメインに挙げられているのは
1) 恒星間ラムジェット
2) 反物質エンジン
以上の２つが有力であるが、

1)については
① ｐ－ｐ反応を実現させる
② 直径数千ｋｍの燃料吸入口(空気より軽くて、亜光速で衝突する星間物質の衝撃に耐える)の実現

2)については
① 効率の良い反物質生成する技術の開発
② エネルギー消費が小さく、ロスを生じない反物質の貯蔵技術(ロスを生じればたぶん大爆発する)の開発

といずれもかなりハードルが高そうです。

亜光速にこだわらなければ、核融合（核パルスを含む）技術の開発ですむので比較的簡単そうです。
核分裂をつかうとなると、炉心の温度はせいぜい数千度と化学反応ロケットと大差なくなってしまうので論外とします。