痛覚はある程度コントロールできるでしょうね。神経ブロック等で。
また、脳にコンピュータを・・・ということなので、痛覚も疲労感もコントロールできるかとおもいます。
しかし、戦闘意欲や士気を削いだり、死への恐怖をかきたてたりするこれらの感覚は否定的にとられがちですが、ある種の危険信号でもあるわけです。
太古の恐竜は痛覚が鈍く体が傷ついても３０分くらい痛みを感じず、痛みを感じるころには出血で瀕死になっているといった話も聞きます。
作戦を続行するためにも体の被害状況を把握し必要に応じて応急処置を行うといったことは必要と思います。

疲労感についてもただ感じなければいいのではなく、筋肉に乳酸が蓄積されｐHが下がると酵素等の働きが阻害されうまく動けない状態になります。
そういう意味ではやはり疲労物質をもとから蓄積させないしくみが必要です。
昆虫の飛翔筋も疲労物質は生成されませんが、鳥などの温血動物の筋肉のほうが人体に適用するためのヒントを含んでいるかと思います。
鳥の胸の肉は飛ぶために激しく使いますから、ミオグロビンの含有量が多く赤く見えます。
そうすると酸素をより多くとりこめ、グリコーゲンを有酸素下でエネルギーに換えることができるので乳酸の発生を抑えられるのです。
また、発生してしまった乳酸は遅筋でも利用されますので、遅筋の構成比をあげる。また、筋肉中のミオグロビンの量をふやすといったことができれば疲労は制御可能になるかもしれません。
実現するには遺伝子治療のようにベクターにそういう遺伝子を組み込ませて導入することになると思います。