私が思い付いた事を書きます。
先ず、人間に必要最低限の動植物を残します、(牛とか豚とかキャベツだとか)
んで次は全人類が月に移住します(各部屋が密閉されていて一日一回真空になる、飯は全てレトルト)、酸素は、二酸化炭素から炭素を抜いて作ります(そこは未来技術で)

その間に、地球の水及び大気を何らかのタンクに入れ(勿論Ｇが入らないようにして)Ｇ及び人間が必要でない生物は此処で全て死に絶えます。

そして、地球に水と大気を戻して、人間達が地球に帰還すれば、良いと思います。