例えば羽田空港と成田空港を関東国際空港という1つの空港にしてしまい、
両空港をエアロトレインで結ぶというのはどうでしょうか？
仮に3両編成として、1両目を制限区域内の旅客移動用（関空のウイングシャトルのような利用）（無料）、
2両目を預けられた手荷物移動用、3両目を一般者用（有料）とし、
ホームドアー等で旅客と一般者が混ざらないようにします。

こうすれば、空港から空港への移動ではなく、単にターミナル間の移動をするだけの話になります。
羽田−成田も10分程度で移動できるので、
東京都在住者が関東国際空港の成田ターミナルから出発する便に乗る場合、
自宅→関東国際空港（羽田ターミナル）→チェックイン（羽田ターミナル）→セキュリティチェック（羽田ターミナル）
→エアロトレイン→関東国際空港（成田ターミナル）→搭乗
手荷物も関東国際空港（羽田ターミナル）で預けて楽です。

羽田＝国内線、成田＝国際線と分ける必要もなくなります。

エアロトレイン単体で採算を取るのは難しそうですが、
この方法なら空港収益で対応します。
騒音は、全線地下か全線屋根付きで覆ってしまうとか。