ここいらで時系列を整理してまとめた

アプリ版は2019年11月には配信されていて、Switch版より半年ほど早く公開されてた
(ちなみに今はバージョン4.3.2(iOS)と4.2(Android)がリリースされてる)
問題のSwitch版は7月2日に配信開始して、4日11時にはゼルダ盗用の指摘が出て話題になった
6日の13時には公式に問い合わせた記事が公開されて、権利のライセンスを別会社から購入したことが明らかになった
https://automaton-media.com/articles/newsjp/20200706-129650/
それから6日17時頃に配信停止、
同日19時には公式声明で「任天堂には既に事情説明済み、BGM差し替えで再配信を目指す」という内容が記事で公開
https://automaton-media.com/articles/newsjp/20200706-129699/

なお、アプリ版ではSwitch版で問題になった曲ではなく、別の曲が流れてるのが既に確認されてる(以前のバージョンについては不明)