EXスキルのレベル補正もとりあえず検証出来た(全身ガンタンクとギャン盾で確認)
PGガンダム(防御力0でダメージ軽減しない)を相手に確認(いつも通り)

EXスキルも武器威力と計算は同じ、前述の通りフレームのEXスキル補正とやらは無関係で
近接EXならフレームの近接攻撃力、射撃EXならフレームの射撃攻撃力も影響する
フレームの攻撃力 + EXスキルの攻撃力 × レベル補正
回復系スキルはレベルによる変動が確認できず
EXスキルの攻撃力はLV2(EXスキル解禁時点)で1.2倍の補正値が入ってる
偶然にもガンタンク胴が攻撃力1000でかなり調べやすかった

あとアビリティによる攻撃力の変動は最終的なダメージに影響してるようで
(フレーム攻撃力 + 武器などの威力 × レベル補正 × バフ補正)×アビリティ補正
てなるみたいだった

検証データは↓
http://www.xgamewiki.com/newgb/index.php?%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4